La baie de Faxaflói abrite l'une des populations de baleines les plus accessibles toute l'année de l'Atlantique Nord, avec des petits rorquals observés lors de huit sorties sur dix et des baleines à bosse présentes de juin à août.
Le bateau semi-rigide, appelé « RIB » dans le jargon maritime, a intégré la flotte commerciale d'excursions de Reykjavik en 2009, réduisant le temps de trajet vers les zones d'alimentation de quarante minutes à douze et abaissant le profil du navire à moins de deux mètres de la ligne de flottaison. Cette proximité est importante : un petit rorqual qui fait surface expire un souffle en colonne visible à trois cents mètres, mais les sillons de la gorge et les bandes blanches des nageoires ne deviennent visibles que lorsque l'animal passe à moins de dix mètres.
Le vieux port de Reykjavik, quai de pêche actif jusqu'aux réformes des quotas de 1984, s'est transformé en principal point de départ des excursions de la ville après que la crise financière de 2008 a réorienté la main-d'œuvre maritime vers les services aux visiteurs. En 2012, le quai d'Ægisgarður accueillait plus de soixante-dix mille passagers d'observation des baleines par an. Les excursions en hors-bord RIB partent des mêmes cales en béton patinées où les chalutiers débarquaient autrefois la morue, désormais marquées par des défenses orange et des kiosques à billets. Les opérateurs utilisent des bateaux bimoteurs pouvant accueillir de douze à dix-neuf personnes, équipés d'un coupe-circuit, d'une radio marine VHF et de combinaisons de flottaison distribuées avant le départ. Les combinaisons — des combinaisons étanches doublées de néoprène dans un tissu orange international — servent à la fois de couche thermique et de dispositif de flottaison, homologuées pour quinze minutes dans une eau à quatre degrés.
Les macareux nichent sur Lundey et Akurey, deux îlots basaltiques bas situés à quatre kilomètres au nord-ouest du port, de fin avril à la mi-août. Le macareux moine, un pingouin plongeur pesant quatre cents grammes, creuse des terriers d'un mètre de profondeur dans la couche herbeuse des îles et élève un seul poussin grâce à des lançons transportés dans son bec, pouvant en contenir jusqu'à soixante. Une excursion en bateau RIB pour observer les baleines et les macareux à Reykjavik fait généralement le tour des colonies à basse vitesse, permettant aux passagers une fenêtre d'observation de quinze minutes avant de se diriger vers le sud-ouest dans des eaux plus profondes où se nourrissent les cétacés. Les petits rorquals, la plus petite espèce de baleine dans les eaux islandaises, atteignent huit mètres et font surface toutes les quatre-vingt-dix secondes en déplacement. Les baleines à bosse, identifiables par leurs nageoires noueuses et leurs grands souffles, sautent occasionnellement mais passent la plupart du temps à la surface entre des plongées de six à huit minutes. Les dauphins à bec blanc, les marsouins communs et les orques apparaissent de manière irrégulière, ces dernières étant plus fréquentes pendant la saison du hareng, de janvier à mars.
Les guides à bord des bateaux RIB communiquent via des interphones montés sur casque, décrivant l'identification des espèces et leur comportement en temps réel à mesure que le bateau se repositionne. Le pont ouvert et le faible franc-bord signifient que les passagers ressentent le vent de vingt nœuds et les embruns occasionnels, un contraste sensoriel par rapport aux navires d'excursion fermés. La plupart des départs durent entre quatre-vingt-dix minutes et deux heures, limités par la capacité en carburant et l'exposition physique des passagers debout sur une mer en mouvement. Si la météo le permet, les opérateurs effectuent trois à cinq sorties par jour entre neuf heures du matin et six heures du soir, la fenêtre de l'après-midi offrant des conditions plus calmes et une meilleure lumière pour la photographie.
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